司馬遷和漢武帝，一個是寫下「究天人之際，通古今之變」的史學高手，一個是推行「罷黜百家，獨尊儒術」的厲害君主，他們的一生幾乎都處在西漢最興盛的時代，彼此的關係不只是簡單的君臣上下級，還夾雜著佩服與疏遠、放心與懷疑、堅持與打壓的聯繫。
初識：盛世語境下的敬慕與信任，史官與帝王的初心契合
司馬遷和漢武帝的來往開始於漢武帝統治的興盛時期，兩人最初相处時滿是理想上的共鳴和對彼此的認可，司馬遷出生在史官家庭，他的父親司馬談在漢武帝時期擔任太史令，一輩子都想編寫一部貫通古今的史書，這份心願最後交到了司馬遷手裡，而漢武帝剛執政時，憑著過人的才能努力奮進，北上攻打匈奴、南下平定百越、開拓西域，建立了統一的興盛局面，這份了不起的功績讓心裡裝著國家的司馬遷打心底裡佩服。
年輕時候的司馬遷特別受漢武帝的放心和看重，他二十歲就開始遊歷天下，足跡踏遍了大漢的每一處土地，一邊探訪有名的地方，一邊收集歷史資料和民間故事，這份遊歷的自由和方便，既離不開漢武帝統治下安穩統一的社會環境，也藏著這位帝王對年輕人才的默許和幫助，後來司馬遷進入官場，被任命為郎中，陪在漢武帝身邊，甚至奉命以監軍的身份出使西南夷，參與設置郡縣、安撫邊疆的工作，這樣的信任在當時的大臣中是很少見的。
漢武帝對司馬遷的欣賞，還體現在認可他史官的工作上，公元前108年，司馬遷正式接任太史令一職，負責整理宮廷裡的書籍文獻，後來又奉命帶頭修改《太初曆》，和鄧平、唐都等人一起完成了曆法的改革，規範了西漢的紀年方式，這一時期司馬遷真心佩服漢武帝，他在《太史公自序》裡說，作為史官，如果不記載聖明君主的美德，不講述功臣貴族和賢能大臣的功業，就是很大的過錯，那時候兩人的關係最融洽，司馬遷希望用文字記錄下盛世的功績，漢武帝也希望通過史官的書寫讓自己的帝王功績被人記住，兩人的想法是一樣的。
決裂：李陵之禍的导火索，君臣反目的命運拐點
天漢二年（公元前99年），一場突然發生的李陵事件徹底打破了兩人之間的和睦，也成了他們關係轉變的關鍵節點，這一年漢武帝派寵妃李夫人的哥哥李廣利率領三萬騎兵征討匈奴，又派李廣的孫子李陵率領五千步兵跟著押運物資，不甘心平庸的李陵主動請求獨自深入匈奴腹地，直搗單于的王庭，卻在浚稽山被匈奴八萬騎兵包圍。
經過八天八夜的拼死戰鬥，李陵的軍隊殺死了一萬多匈奴人，最後因為糧草和武器耗盡、沒有援兵而戰敗被俘，之後就投降了匈奴，消息传到長安後漢武帝特別生氣，朝中的大臣們都看漢武帝的臉色行事，紛紛指責李陵背叛國家，只有司馬遷站出來為李陵說話，他在漢武帝面前直接表示，李陵平時孝順母親、講信用、對人友善，對士兵也很好，這次用五千步兵對抗八萬匈奴大軍，雖然失敗了卻依然很光榮，他投降很可能是暫時的辦法，想找機會報答漢朝。
司馬遷的直言不諱不小心惹惱了漢武帝，在漢武帝看來，司馬遷不僅在為李陵開脫罪名，還在諷刺勞師遠征、打了敗仗的李廣利，暗地裡表達對自己任用親信的不滿，漢武帝大怒之下下令把司馬遷關進大牢，交給嚴厲的官吏杜周審問，後來又有傳言說李陵在幫匈奴訓練士兵來攻打漢朝，漢武帝相信了這個消息，下令處死了李陵的家人，司馬遷也因此被判處死刑，按照漢朝的法律，死刑可以通過交五十萬錢贖罪，或者接受腐刑來減免，家里貧窮的司馬遷拿不出贖罪的錢，為了完成父親的遺願、編寫《史記》，他只能選擇接受屈辱的腐刑。
李陵事件不只是司馬遷個人的人生悲劇，也讓他和漢武帝的君臣關係徹底破裂，曾經的放心和佩服，在皇權的專斷和直言的代價面前徹底消失了，對司馬遷來說，腐刑不僅傷害了他的身體，還侮辱了他的人格，對漢武帝來說，司馬遷的「反抗」是對自己皇權的公然挑戰，必須嚴厲懲罰，這場衝突其實是史官的正直和帝王的專橫之間的激烈較量，也集中體現了兩人思想立場的不同。
對峙：隱忍中的堅守與批判，距離裡的客觀書寫
受刑之後司馬遷被釋放出獄，被任命為中書令，以宦官的身份在宮中伺候，這時他和漢武帝之間形成了一種微妙又緊張的對立狀態，他雖然還在朝廷做官，但心裡已經全部放在了史學研究上，漢武帝雖然還在用他，卻再也沒有了以前的放心，更多的是居高臨下的控制和忽視，司馬遷在《報任安書》中寫道，自己「腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往」，每次想到腐刑帶來的屈辱就渾身冒汗，這份屈辱和痛苦成了他和漢武帝之間無法跨越的距離。
但這份屈辱並沒有讓司馬遷消沉，反而讓他更加堅定了編寫《史記》的決心，他抱著「人固有一死，或重於泰山，或輕於鴻毛」的信念，忍著屈辱把所有的難過、不甘和思考都寫進了書中，這時他對漢武帝的態度已經完全改變，從最初的佩服變成了複雜的觀察和理性的批評，這種批評不是發洩私人怨氣，而是作為史官的客觀和堅持。
在《史記》裡，司馬遷沒有因為自己的遭遇就全盤否定漢武帝的功績，他客觀記錄了漢武帝北上攻打匈奴、開拓疆土、統一思想、完善制度的過人才能，認可他「外攘夷狄，內興功業」的歷史貢獻，但同時他也不回避地批評了漢武帝的貪心和專斷，在《孝武本紀》中，他詳細記錄了漢武帝寵信方士、追求長生不老的荒唐行為，暗地裡諷刺他違背天道，在《平準書》中，他揭露了漢武帝連年打仗、大肆修建宮殿導致百姓生活困苦、「海內之士力耕不足糧餉」的問題，他還把漢武帝和漢文帝的仁政放在一起比較，暗地裡批評漢武帝不停打仗、消耗國力的做法。
漢武帝可能知道司馬遷在《史記》中對自己的批評，但他最後沒有下令毀掉這部書，一方面可能是認可司馬遷的才華，也可能是他晚年的反思和愧疚，另一方面也可能是因為司馬遷的批評一直保持著史官的克制，沒有觸動皇權的根本利益，這種「不殺他卻侮辱他、不毀書卻保留它」的態度，讓兩人的對立關係一直延續，也讓《史記》能夠流傳到後世、產生深遠的影響。
終局
司馬遷和漢武帝的關係，最後因為兩人先後去世而結束，漢武帝在公元前87年去世，司馬遷在漢武帝去世後不久也悄悄離開了人世，一輩子都沒有真正得到解脫！