公元1192年源賴朝被封為征夷大將軍後鐮倉幕府正式建立，日本歷史也隨之進入了武士政權和天皇朝廷長期共存的鐮倉時代。
天皇朝廷保留著名義上的最高統治權和祭祀禮儀方面的權力，鐮倉幕府卻掌握著全國實際的軍事、行政和司法大權，兩者相互依存又相互制約，構成了獨特的「二元政治」形式，這種共存狀態持續了鐮倉幕府近150年的統治。
共存的前提：武士階層崛起與權力妥協
鐮倉幕府和天皇朝廷的共存關係，來自平安時代末期武士階層的興起和中央集權統治的衰敗，平安時代後期天皇朝廷的統治越來越腐朽，藤原氏外戚長期把持大權，地方豪強的割據勢力不斷壯大，中央政府對地方的管控能力也大大下降，以源氏、平氏為代表的武士集團憑藉自身強大的軍事力量，逐漸成為影響日本政局的核心力量，1185年源賴朝在壇之浦之戰中消滅平氏集團後，又通過一系列辦法鞏固自己的勢力，為鐮倉幕府的建立打下了堅實的基礎。
源賴朝崛起後沒有選擇推翻天皇朝廷，而是想和朝廷達成權力妥協，這也是兩者能長期共存的核心前提，首先源賴朝需要藉助天皇的「正統」權威讓自己的統治變得名正言順，武士階層雖然有強大的軍事力量，但在傳統觀念裡天皇是天照大神的後代，是國家的象徵，擁有不可動搖的精神權威，源賴朝通過接受朝廷的正式任命（比如1192年被封為征夷大將軍），把自己建立的武士政權納入傳統政治體系，從而獲得全國武士和民眾的廣泛認可；其次天皇朝廷也需要依靠幕府的軍事力量，來維持自身的存在和社會的整體穩定，當時的朝廷已經沒有實際的軍事能力，沒法鎮壓地方叛亂和豪強割據，只能依靠源賴朝領導的武士集團鞏固中央統治秩序，避免政權滅亡。
這種權力妥協最終形成了「名實分離」的政治格局，天皇作為「名義上的君主」執掌祭祀、禮儀等象徵性權力，幕府作為「實際的掌權者」掌控軍事、行政、司法等實質性權力，兩者各取所需、不干涉彼此的核心利益，這就構成了共存的基礎，根據相關史料記載，朝廷常把幕府叫做「關東」，武士們則尊稱源賴朝為「鐮倉殿」，雙方在各自的權力範圍內活動，維持著初步的政治平衡。
共存的核心：權力邊界的明確劃分
鐮倉幕府和天皇朝廷能長期共存，關鍵在於兩者劃分出了相對清晰的權力邊界，通過各自做好自己的事、不越界的方式，維持著整體的政治平衡，這種權力劃分主要體現在政治、軍事、經濟三個方面，形成了相互獨立又彼此聯繫的運行體系。
（一）政治層面：朝廷掌禮儀，幕府掌政務
天皇朝廷保留著傳統的政治禮儀職能，負責天皇即位、天地祖先祭祀、年號頒布等象徵性事務，以此維繫國家的精神正統，京都作為朝廷的所在地，依然是日本的禮儀中心，公卿貴族繼續擔任朝廷的各類官職，負責禮儀執行、文書處理等相關工作，但這些官職大多沒有實際權力，只是身份和地位的象徵，比如朝廷還是會按照傳統流程任命各級官員，但高級官員的任免實際上需要得到幕府的認可，尤其是地方官員的選拔，完全由幕府負責。
鐮倉幕府則掌握著全國實際的政務大權，源賴朝在鐮倉設立了完善的統治機構，1180年設立的侍所主要負責統領御家人、維護地方治安和軍事指揮工作，1184年設立的公文所（後來改名為政所）專門掌管各類行政事務，同年設立的問注所則負責處理訴訟案件和審判相關事宜，這三個機構構成了幕府政務管理的核心，幕府通過這些機構直接管理關東地區，同時通過任命守護、地頭等官職間接控制全國各州郡，處理地方的行政、司法和治安等具體事務，另外幕府還專門設立京都守護、六波羅探題等職位，密切監視朝廷的動向，防止朝廷干涉幕府事務，確保自身權力穩定運行。
（二）軍事層面：朝廷無兵權，幕府掌征討
軍事權力的徹底分開，是兩者能長期共存的重要保障，平安時代末期朝廷的軍事力量已經徹底瓦解，禁衛軍只是名義上存在，公卿貴族大多不懂軍事，沒法組織起有效的武裝力量，而鐮倉幕府以武士集團為核心，牢牢掌握著全國的軍事大權，御家人制度是其軍事統治的核心，御家人向將軍宣誓效忠，將軍則授予御家人領地和各類特權，形成了嚴密的主從關係。
幕府的軍事權力主要體現在三個方面，一是負責維護全國的治安，鎮壓地方叛亂和盜賊騷擾；二是組織軍隊進行對外征戰，比如抵禦元寇入侵等軍事行動；三是監督御家人履行警衛義務，包括京都大番役、鐮倉大番役等，間接保護朝廷的安全，天皇朝廷不僅沒有實際的軍事指揮權，甚至不能私自招募軍隊，要是遇到叛亂或外敵入侵，只能依靠幕府出兵救援，這種軍事權力的壟斷讓幕府能有效壓制朝廷的反抗想法，確保共存格局的穩定，而朝廷也因為不用承擔軍事負擔，得以專心做好自己的禮儀工作。
（三）經濟層面：朝廷守舊產，幕府拓新利
經濟上的分工合作，為兩者的共存提供了堅實的物質基礎，天皇朝廷和公卿貴族擁有大量傳統莊園，這些莊園是朝廷的主要收入來源，幕府尊重朝廷對這些莊園的所有權，不隨意侵占，確保朝廷能維持日常運轉和禮儀方面的開支，但與此同時，幕府通過設立地頭、守護等官職，掌握了全國莊園和公領的實際管理權，地頭負責為莊園領主和國衙徵收租稅、維護莊園秩序，還能徵收兵糧米，這也成為幕府經濟收入的重要來源。
1185年朝廷頒布文治勅許，正式承認源賴朝在各國設置守護、地頭的權力，這也意味著幕府獲得了全國經濟事務的實際控制權，幕府通過「本領安堵」「新恩給予」等政策安撫御家人和地方豪強，同時通過徵收賦稅、壟斷貿易等方式積累了雄厚的經濟實力，朝廷雖然擁有莊園的所有權，但對莊園的管理和收益分配，往往需要得到幕府的認可，形成了「朝廷所有、幕府管理」的經濟格局，雙方在經濟上相互依靠，有效避免了直接的利益衝突。
共存的演變：從平衡到失衡的權力博弈
鐮倉幕府和天皇朝廷的共存關係並不是一成不變的，而是隨著雙方實力的變化不斷進行權力爭奪，最終從平衡狀態慢慢變得失衡，直到幕府滅亡，這一演變過程大致可以分為三個階段，清晰展現了兩者共存關係的變化過程。
（一）初期平衡：源賴朝時期的相互制衡（1192-1219年）
源賴朝建立幕府後一直堅持和朝廷妥協的政策，尊重天皇的名義權威，不干涉朝廷的禮儀事務，同時嚴格劃分自己的權力邊界，避免和朝廷發生直接衝突，源賴朝本人還曾親自進入京都，接受朝廷授予的官職，和公卿貴族保持良好的關係，甚至把自己的女兒嫁給天皇，通過聯姻鞏固雙方的聯繫，這一時期朝廷和幕府各自做好自己的事，權力邊界清晰，兩者相互制約，共存關係處於相對穩定的狀態，源賴朝去世後，他的妻子北條政子和弟弟北條義時輔佐年幼的君主，繼續維持和朝廷的平衡關係，確保了幕府的穩定過渡。
（二）中期失衡：承久之亂後的幕府獨強（1221-13世紀末）
1221年後鳥羽上皇不甘心失去權力，發動「承久之亂」想要推翻鐮倉幕府，恢復天皇的實際統治權，但當時的幕府已經擁有強大的軍事力量，北條義時迅速召集御家人，以「維護幕府恩義」為號召，出兵京都並打敗了朝廷的軍隊，戰亂結束後幕府對朝廷採取了嚴厲的打壓措施，流放了三位上皇，廢除了仲恭天皇，擁立後堀河天皇做傀儡君主，沒收了反對幕府的公卿、武士的領地，任命御家人為新補地頭，進一步擴大了幕府的勢力範圍，還設立六波羅探題取代原來的京都守護，加強了對朝廷的監視和控制。
承久之亂成為兩者共存關係的重要轉折點，幕府的權力徹底超過了朝廷，朝廷的名義權威也受到了嚴重影響，原本的共存平衡被徹底打破，之後天皇的即位、退位以及院政的實施，都必須得到幕府的認可，朝廷徹底變成了幕府控制下的傀儡，但幕府沒有選擇推翻天皇，依然保留了朝廷的禮儀職能，因為它需要藉助天皇的名義維持全國的統治秩序，尤其是安撫那些依然尊崇天皇的貴族和民眾。
（三）後期瓦解：幕府衰落與朝廷倒幕（13世紀末-1333年）
13世紀末鐮倉幕府的統治慢慢走向衰落，元寇入侵後幕府沒能兌現對御家人的恩賞承諾，破壞了「御恩與奉公」的核心關係，導致御家人的勢力不斷減弱，同時幕府內部的權力鬥爭越來越激烈，北條氏得宗專制越來越強，引起了御家人和非御家人的普遍不滿，惡黨暴動頻繁發生，社會矛盾也越來越突出，而天皇朝廷則抓住這個機會，積極策劃倒幕運動，後醍醐天皇還以朱子學的「大義名分」為旗幟，號召全國武士反對幕府統治，得到了不滿幕府統治的武士集團的積極響應。
1333年足利尊氏、楠木正成等武士起兵發動倒幕戰爭，鐮倉幕府最終滅亡，持續了近150年的幕府與朝廷共存關係也徹底結束，之後後醍醐天皇試圖恢復皇權，推行「建武新政」，但因為沒有足夠的軍事力量和統治基礎，新政很快就失敗了，日本隨後進入了室町幕府和天皇朝廷共存的新階段，不過它的權力格局和鐮倉時代已經有了明顯的不同。
共存的本質：武士政權與傳統權威的妥協共生
鐮倉幕府和天皇朝廷的共存歷史，本質上是武士政權和傳統皇權之間的妥協與共存，是「實際權力」和「名義權威」的相互結合與補充，這種共存關係的形成，既因為武士階層對傳統權威的敬畏和利用，也因為天皇朝廷對現實力量的妥協和依賴。
對鐮倉幕府來說，天皇的名義權威是其統治變得名正言順的關鍵，武士階層雖然有強大的軍事和經濟力量，但在傳統的政治觀念裡，天皇是國家唯一的正統象徵，要是沒有天皇的認可，幕府的統治就缺乏足夠的合理性，很難獲得全國民眾的廣泛認同，因此幕府始終保留天皇朝廷，尊重它的禮儀職能，本質上是為了藉助天皇的名義，鞏固自己的統治地位。
對天皇朝廷來說，幕府的實際權力是它能繼續存在的重要保障，平安時代末期朝廷已經沒法維持自己的統治秩序，要是沒有幕府的軍事和行政支持，朝廷很可能被地方豪強勢力推翻，天皇的正統地位也會隨之消失，因此朝廷選擇和幕府達成妥協，放棄實際的統治權力，保留名義上的權威，目的就是在武士政權的統治框架下，繼續維持自己的存在和傳統的禮儀文化。
這種共存關係是日本中世政治制度的重要特點，它既避免了政權更迭可能帶來的社會動盪，也促進了武士文化和貴族文化的融合發展，雖然這種共存關係最終隨著幕府的滅亡而結束，但它所確立的「二元政治」格局，對後來的室町幕府、江戶幕府產生了深遠影響，成為日本中世到近世政治發展的重要線索。