室町幕府從1336年建立到1573年結束，作為日本中世第二個由武士掌控的政權一共存在了將近二百四十年，而這個政權最終走向滅亡。
制度先天缺陷
室町幕府的統治基礎從建立之初就存在明顯的不足，它的管理方式和鐮倉幕府的中央集權模式有著很大區別，以守護大名為核心的地方分權制度從一開始就註定了中央政權無法保持長久穩定，幕府依靠「三管四職」等地方守護勢力來管理全國，並且把地方的軍事、行政、司法和徵稅權力全部交給這些守護大名，讓他們逐漸成為地方上真正的掌權者，這種依靠地方勢力來控制地方的做法雖然在政權初期能夠起到穩定局面的作用，卻也讓守護大名擁有了能夠和中央對抗的實力。
幕府還設立了鐮倉公方與京都幕府形成對立局面，雙方的長期爭鬥不斷消耗著中央的力量，永享之亂、結城之亂等內亂接連發生，也進一步削弱了將軍原本擁有的權威，除此之外，幕府始終沒能建立一支完全屬於自己的強大軍隊，只能依靠「奉公眾」這樣規模不大的衛隊維持基本安全，遇到戰爭時還必須依靠守護大名出兵支援，中央也因此慢慢失去了對軍隊的絕對掌控力。
這種中央弱小、地方強大的制度結構，是幕府最終走向滅亡的根本原因，同時也為後來全國範圍的分裂和戰亂埋下了很深的隱患。
應仁之亂
1467年到1477年爆發的應仁之亂，給了室町幕府最為沉重的一次打擊，也直接讓幕府的中央統治徹底失去了實際作用，這場戰亂最開始只是因為將軍繼承問題和細川、山名兩大守護家族的權力爭奪引發的矛盾，最後卻演變成了影響整個日本的大規模混戰，京都地區在戰亂中遭到嚴重破壞，幕府原本的行政系統也徹底陷入癱瘓無法運轉。
戰亂結束之後，將軍徹底變成了沒有任何實權的傀儡，各地守護大名開始互相攻打爭奪地盤，再也不會聽從幕府的命令，日本也由此進入了群雄割據的戰國時代。
應仁之亂的本質其實就是守護大名的實力不斷變強之後，不再願意承認中央的權威，幕府也因此失去了對地方勢力的控制能力，既沒有辦法調解大名之間的戰爭衝突，也沒有能力維持京都地區的基本秩序，名義上的中央政權只剩下一個空殼，這也給地方新興勢力的快速崛起創造了有利條件。
下克上
應仁之亂結束之後，日本社會出現了大量「下克上」的現象，傳統的武士等級制度也因此完全崩潰，這也是推動幕府走向滅亡的重要社會原因。
一方面，舊有的守護大名不斷被自己的家臣、守護代以及地方領主取代，像齋藤道三奪取美濃、毛利氏取代安藝武田氏這樣的事情接連發生，舊的守護統治體系也一步步走向瓦解，另一方面，農民和普通市民發動了德政一揆、一向一揆等反抗活動，反對沉重的賦稅和長期的戰亂生活，這些行動也直接衝擊了幕府的經濟來源和統治根基。
這種由下向上的權力重組過程，徹底打破了幕府一直依靠的封建等級制度，幕府既壓制不住不斷出現的戰國大名，也平息不了基層民眾的反抗浪潮，慢慢失去了對整個社會秩序的掌控能力，最終被時代發展所淘汰。
財政經濟崩潰
室町幕府的財政體系從建立開始就一直很脆弱，經濟基礎的不斷崩潰也讓幕府失去了維持自身統治的物質條件，幕府的主要收入依靠京都的倉役、酒屋役、直轄領地「御料所」上交的糧食，還有臨時徵收的各種稅款，這些收入來源不僅分散而且非常不穩定。
長期的戰亂讓商業活動不斷衰落，直轄領地也被各地大名趁機佔領，幕府能夠收到的稅款越來越少，就連最基本的行政開支和軍隊費用都拿不出來，與此同時，土地兼併的情況越來越嚴重，莊園經濟也慢慢走向瓦解，幕府失去了對全國土地的掌控權力，再也不能用分封土地的方式來維持武士階層的支持。
財政破產和經濟體系崩潰結合在一起，從根本上瓦解了幕府的統治基礎，讓幕府只能勉強維持表面的存在。
新興勢力崛起
在制度缺陷、權威喪失、社會動盪、經濟崩潰這多重危機的共同影響下，新興戰國大名的強勢崛起成為了壓垮幕府的最後一個原因。1568年，織田信長幫助足利義昭進入京都，幕府雖然出現了短暫的表面復興，但實際的權力完全掌握在織田信長手中，足利義昭不甘心被控制，想要聯合其他大名一起反抗織田信長，1573年，織田信長帶兵攻破二條御所，將足利義昭趕出京都並且廢除了他的征夷大將軍職位，室町幕府也在這一年正式宣告滅亡。
織田信長的出現代表著戰國時代走向統一的歷史趨勢，他用武力結束了長期分裂割據的局面，清除了室町幕府最後的殘餘勢力，也讓日本進入到逐步走向統一的安土桃山時代。
結語
室町幕府的滅亡是制度先天缺陷帶來的必然結果，是應仁之亂引發權威崩塌的直接後果，是社會結構改變帶來的時代選擇，是財政經濟徹底崩潰的現實結局，同時也是日本走向統一的歷史趨勢造成的最終結果。