在世界遠古文明的發展過程裡，印度河流域文明不但是四大古文明之一，更是南亞次大陸上出現最早的成型城市文明，而作為這一文明體系裡代表性極強的兩處核心遺址，摩亨佐-達羅與哈拉帕常常因為同屬一個文明、城市建設格局十分相像，被人們錯認成同一座古城，不過結合考古發現與地理位置來看，這兩處遺址不光不屬於同一座城市，還是相隔距離很遠、各自單獨發展的文明中心聚居地。
地理區位：南北分立的兩大文明
從地理空間的分佈情況來看，這兩座古城分別處在印度河流域的不同地段，彼此之間相隔很遠，這也是判斷它們分屬不同城市最直接的理由。
哈拉帕遺址坐落在印度河支流拉維河的岸邊，位於如今巴基斯坦的旁遮普省境內，歸屬於印度河流域的北部區域，摩亨佐-達羅遺址則處在印度河幹流的下游地帶，位於巴基斯坦信德省拉爾卡納縣境內，屬於印度河流域的南部區域，兩座古城之間的直線距離大概有650公里，在生產水準落後、出行方式十分單一的遠古時代，這樣遠的間隔足以形成兩座互不依靠的獨立城市聚居區，而不是同一座城市的不同功能板塊。
這種南北相互照應的地理位置，也讓兩座古城變成了印度河流域文明南北兩端的核心據點，一同帶動周邊村落與小型聚落的發展，形成了覆蓋範圍很廣的遠古文明圈子。
文明溯源：同屬一脈的共生城邦
雖說這兩座古城是相互獨立的城池，但摩亨佐-達羅與哈拉帕都歸屬於印度河流域文明（學術界也叫做哈拉帕文明），全都是青銅時代這一成熟文明的標誌性城池，二者有著同根同源的文明內核，完全可以稱作遠古文明裡的姊妹城池。
印度河流域文明存在的時間大概在公元前2600年到公元前1900年，是同時擁有完整城市建設體系和成熟手工製作水準的青銅時代文明，兩座古城的修建時間、文明發展步伐高度同步，在文明核心與城市建設規則上也有著極強的一致性，二者全都採用了十分先進的網格狀城市佈局，城市內部功能區域劃分清楚，嚴格分成衛城和下城區兩大部分，全都搭建了人類曆史上最早的城市排水供水系統，配套建好公共浴室、地下排水管道和集中蓄水水池，衛生規劃的水準遠遠超過同一時期的古埃及和古巴比倫文明，同時還都使用樣式統一的印章文字、標準統一的度量工具，各類手工製作的物品風格相近，出土的彩陶瓷器、石頭印章、青銅器具、打磨石器的樣式也十分相似。
這種全方位的文明相似點，能夠充分證明兩座城池同屬於一個統一的文明體系，有著一樣的文化傳承、社會管理方式和百姓生活習慣，也正是因為這種極高的相似度，才讓大多數人很容易把兩座古城的身份弄混淆。
形制差異：兩大遺址的特徵
除了地理位置上的不同之外，兩座古城在考古出土遺物、城市建設細節、規模特點等多個方面都有著明顯的差別，靠著這些不一樣的特徵，大家就可以準確分辨出這兩處遠古遺址。
城市大小和標誌性建築
摩亨佐-達羅的城區佔地範圍更大，整體城市規劃也更加整齊有序，遺址裡最有代表性的遺跡就是大型公共浴池，這座浴池用燒制好的青磚搭建而成，總長12米、寬7米、深2.4米，還配套搭建了完善的進水和排水設施，學術界大多認為這裡是印度河流域文明舉辦宗教祭祀活動的核心場地，哈拉帕遺址雖然整體規模同樣十分宏大，但遺址內部並沒有挖出同款的大型公共浴池，而且這座城市的防護體系更加完整，衛城的城牆牆體更厚，各類防禦相關的遺跡出土數量也更多。
出土文物的種類偏向
摩亨佐-達羅遺址挖出了很多做工精致的人物雕像、青銅器具，其中名氣很大的青銅舞女雕像就是在這裡出土的，能直接體現出當時高超的手工製作與鑄造水準，哈拉帕遺址出土的則大多是生產工具、各類印章和和貿易相關的物品，從這些遺物也能推斷出這座城市在當時的商業往來更加頻繁，偏向商業發展的特點更明顯。
文明消失的原因
結合考古挖掘的結果來分析，摩亨佐-達羅的衰敗和消失，很大可能和印度河洪水泛濫、地質災害多發有關係，遺址的土層裡也能找到大量洪水留下的淤積層，而哈拉帕古城的衰敗，則更多和外來族群入侵、當地生態環境變差相關，兩座城池的衰敗過程和消失原因有著十分明顯的不同。
結論
結合上文地理、考古、文化多個方面的分析能夠得知，摩亨佐-達羅與哈拉帕並不是同一座城市，而是印度河流域文明體系裡，南北分開而立的兩處獨立的政治、經濟和文化中心，二者同根同源、文化相互連通。